Vodami Oravskej priehrady zanikli obce: Slanica, Ústie, Ľavkovo, Osada, Oravské Hámre. Čiastočne bolo zatopené Námestovo a Bobrov. Presídľovacia skupina pôsobila do októbra 1951. Mala za úlohu spracúvať odhady gazdovských usadlostí. Odhad a vyvlastňovací elaborát bol zložitým procesom - vybavenie stredného gazdu trvalo niekedy jednému úradníkovi až 14 dní. Vyskytovalo sa veľa rozporov a nezhôd vo vlastníckych vzťahoch a nejasností v zápisoch pozemkových kníh. Vznikali veľmi nepríjemné situácie, veď opustiť svoje domovy nebolo jednoduché. Mnohí presídlenci odmietali tento proces, čo komplikovalo uzatváranie jednotlivých prípadov, najmä v záverečnej fáze výstavby priehrady a nádrže. Presídlenie sa týkalo okolo 900 rodín. Samotné presídľovanie bolo zdĺhavé, v období 1941 - 1945 (do skončenia II. svetovej vojny) sa podarilo presídliť' iba 113 rodín na náhradné majetky po židoch a politických zbohatlíkoch.

Po vojne im štátny pozemkový úrad vyplácal odškodné za majetky a uhrádzal aj náklady presídlenia na náhradné majetky po odsunutých Nemcoch a Maďaroch v lokalitách Most na Ostrove, Hviezdoslavovo, sv. Michal, Selice, Štúrovo. Na tieto konfiškáty presunula skupina 167 rodín. Záujem bol však len o lokality v rýdzo slovenskom prostredí, ponúkané lokality na Žitnom ostrove, Spiši a v Kremnickom okrese Oravci odmietali. Pritom sa stávalo, že nehnuteľnosti neboli zapísané na nich, často sa hlásili bývalí vlastníci - reštituenti. Oravci chceli byť spolu, mali obavy z usadlostí na pohraničí. Ešte koncom februára 1949 bolo treba presídliť 349 rodín. O zložitosti presídľovania svedčí skutočnosť, že jeho pôvodne plánované ukončenie v roku 1952 sa nedodržalo a ešte pred koncom roka 1953 medzi kótou 595 a 605 m n.m. sa nachádzalo 140 rodín. Možno povedať, že zbytok presídľovania sa riešil až pod tlakom stúpajúcej hladiny. Skupina skončila svoju činnosť až v januári 1957. V likvidačnej zápisnici sa konštatuje, že všetky pozemky v zátope priehrady boli vykúpené a vytvorilo sa jedno súvislé majetkové teleso (nádrž a ochranné pásmo).

Oravské obce sa rozprestierali v kotline, cez ktorú tiekla Biela a Čierna Orava. Viedla tadiaľ obchodná cesta z Uhorska do Poľska. Preto sa šľachta rozhodla túto oblasť kolonizovať pastiermi oviec, ktorí sa tu usádzali na základe Valaského práva. Postupom času prešli týmto územím rôzne udalosti - vojny, reformácia, choroby, prírodné nešťastia a následne hlad. Nedostatok pracovných miest i prírodných surovín mal za následok vysťahovalectvo. To znamenalo, že sa z Oravy postupne stala najzaostalejšia oblasť. V období 1923 - 1934 ju opustilo asi 3500 ľudí. Obyvatelia sa živili poľnohospodárstvom, roľníctvom, ale predovšetkým výrobou a predajom plátna.

Najznámejšou zatopenou obcou je Slanica, rodisko Antona Bernoláka. Bola založená okolo roku 1564 ako valašská osada rodinou Kludovcov pochádzajúcich z Kňažej na Orave. Patrila zemepánovi Thurzovi sídliacom na Oravskom hrade. Svoje pomenovanie dostala od riečky Slanica (dnešná Polhoranka), ktorá vyvierala zo slaných prameňov spod Babej hory a v tých časoch pretekala obcou. Osada sa rozvíjala veľmi pomaly. Po šesťdesiatich rokoch od založenia žilo v nej okolo 130 ľudí. O sto rokov neskôr, v roku 1778 tu žilo už 533 ľudí ktorí sa zaoberali chovom dobytka, roľníctvom a začínajúcim ľanárstvom. Vo veľkom začali pestovať ľan a následne ho spracovávali na plátno, ktoré potom rozvážali a predávali po všetkých stoliciach vtedajšej Rakúsko-uhorskej monarchie. V tých časoch Slanica prekvitala. V roku 1828 tu už bolo ll5 domov a 894 ľudí. Najvyšší počet obyvateľov obec dosiahla v roku 1870 a to 1068 ľudí. Potom počet postupne klesal pre úpadok plátenníctva a najmä vysťahovalectvom, či už do južných zemi monarchie alebo za more do Ameriky. V časoch najväčšieho rozkvetu obce v druhej polovici 18. a začiatkom 19. storočia Slaničania zo štedrých darov plátenníckych rodín postavili a rozšírili kostol zasvätený Povýšeniu svätého kríža. Dali zhotoviť aj hlavný oltár u talianskych majstrov. Kostol s kalváriou, to je to jediné čo z obce Slanica ostalo. Ani to nemuselo byť, keby nebolo zanietených Slaničanov, ktorí žiadali a prosili asanačnú komisiu kostol nebúrať, aby ostal ako pamätník zatopenej obci. Žiadosť poslali tiež prezidentovi republiky do Prahy. Nakoniec im bolo vyhovené, ale bez prísľubu pomoci. Tak bol kostol, ako aj celý ostrov ponechaný „napospas“ vandalom a poveternostným vplyvom Oravského počasia. Následne bola premiestnená aj socha Antona Bernoláka z obecnej záhrady na ostrov ku kostolu. V tom čase z poverenia občanov obce, bol jediným dobrovoľným ochranárom, neplateným údržbárom kostola, ako aj celého ostrova 14 rokov Štefan Pindjak rodák zo Slanice.

Najstaršia zmienka o Ústí sa nachádza v listine kráľa Mateja Korvína (Hunyadyho) z roku 1474. S názorom na okolnosti založenia Ústia súvisia aj názory na štruktúru pôvodného obyvateľstva. Prevláda názor, že obec založilo niekoľko roľníkov, starousadlíkov pochádzajúcich z Tvrdošína, ktorí neskôr získali šoltýske výsady. Šoltýsov ako prvých obyvateľov a majiteľov pôdy poverovali hradní páni spravovaním a riadením obce. V Ústí pomer medzi hradným panstvom a starousadlíkmi upravil urbárskou dohodou z 15. 5. 1868. Úsťania i po oslobodení sa z poddanstva hľadali iné pramene obživy. Jedno z nich bolo naďalej farbenie a mangľovanie plátna a jeho predaj. Život v obci aj v ďalších rokoch sťažovali povodne a ohne. Údaje do prvej polovice 19. storočia podľa kroniky „Obec sa skladá zo šiestich ulíc alebo častí: Šoltystvo, Stančova raľa, Breh smerom na Tvrdošín, Laz smerom na Trstenú, Dluhoší koniec a za Čiernou Oravou Žabinec smerom na Slanicu. Obyvateľov má 1 159, ktorí bývajú v 256 domoch a vyznávajú rímsko-katolícke náboženstvo, okrem dvoch evanjelikov. Židov nieto. Jedna cigánska rodina." Počas II. svetovej vojny bol v obci Ústie zriadený pracovný tábor pre civilných utečencov z Ukrajiny. Keď už bolo potrebné obec vysťahovať pred naplnením Oravskej priehrady, Ján Kavuliak v roku 1949 navrhol postaviť na neďalekom mieste za potokom Lipňak na rázcestí smerom do Osady a Hámrov kolóniu pod názvom Nové Ústie.

Osada bola založená na ľavom brehu Čiernej Oravy uprostred Oravskej kotliny v Boroch. Prvý raz sa spomína roku 1609 ako obec, ktorá sa len zakladá. Roku 1616 Thurzo ocenil námahu ústianskeho šoltýsa Jakuba a udelil mu šoltýske pravo. Od tých čias sa začal nazývať Stankovský a osada po ňom. Názov Osada sa začal používať okolo roku 1659, názov Závada je od šoltýsa Martina Zavadského. V druhej polovici 17. storočia bola obec poznačená vojnami, požiarmi a morom. Po upokojení pomerov dochádzalo k opätovnému zaľudňovaniu. Začiatkom 18. storočia sa tu usadila skupina troch remeselníkov — hrnčiarov; vtedy mala obec 210 obyvateľov. Obyvateľstvo pestovalo vo veľkom množstve ľan, z ktorého sa vyrábali nite na predaj, a obchodovalo s dobytkom. Postupne sa tam rozvinulo, podobne ako v susedných obciach, aj plátenníctvo. Plátno predávali koncom 18. storočia na Dolnej zemi. V období druhej svetovej vojny bola obec Osada vypálená nemeckými vojakmi. Cirkevne patrila Osada najskôr k Trstenej a potom k Ústiu. Obyvatelia sa zväčša venovali poľnohospodárstvu a hrnčiarstvu. Pestovali ľan, z ktorého vyrábali nite. Postupne sa rozvíjalo plátenníctvo a obchod s dobytkom. Počas druhej svetovej vojny Nemci obec vypálili. Roku 1953 pred zatopením vodami Oravskej priehrady mala asi 600 obyvateľov.

Oravské Hámre ležali na najnižšie položenom mieste Oravskej kotliny uprostred bažinatých lúk - Borov v blízkosti sútoku Čiernej Oravy a potoka Jelešná voda. Založil ju roku 1614 Juraj Thurzo na základe dohody s bratmi Michalom a Gálom Hamerníkovcami, ktorá im dovoľovala postaviť železné hámre na brehu potoka Jelešná voda. Odtiaľ pochádza aj názov obce. Za to boli povinní platiť zámku 25 florénov (zlatých). V čase založenia patrili pod právomoc šoltýsa v susednej Osade. Roku 1677 sa píše, že okrem hámrov usilovali sa ziskať i ornú pôdu, preto im zemepán zvýšil poplatky, no zároveň povolil pri hámroch postaviť i mlyn. Počas protihabsburských bojov obec spustla pre nedostatok rudy. V pravom zmysle slova Hámry osadou neboli ešte ani roku 1712, keď sa tam nachádzala len jedna usadlosť, na ktorej žilo 5 rodín (asi 25 osôb).

Lavkovo vzniklo na druhom brehu rieky Oravy oproti Ústiu. Jej pomenovanie pochádza od osobného mena Lev — Leonard (zdrobnenina Levko). Založená bola ako súčasť zemianskej osady Štefanova. Roku 1355 kráľ Ľudovít postúpil Lavkovo istému Mikulášovi, synovi Folkušovmu, a druhému Mikulášovi, synovi Jánovmu. Tí sa však tam nechceli usadiť, a preto odovzdali Lavkovo rodine Kubínyovcov, zemianskym majiteľom Štefanova od roku 1560 až do roku 1605; vtedy ho vzali do nájmu Thurzovci. Roku 1619 žilo v ňom len 5 sedliackych rodín, ale roku 1625 už 19 rodín. Osada patrila pod richtárstvo v Dolnom Štefanove. Počas kuruckých bojov sa dostala do rúk rodiny Szentiványiovcov, spríbuznenej s Kubínyovcami. Veľmi často trpela záplavami rieky Oravy, a preto počet usadených rodín sa stále menil, a tým, že na rozdiel od ostatných obcí v jej chotári nebolo lesov. Kubínyovci vlastnili osadu až do zrušenia poddanstva. Lavkovo prestalo existovať roku 1953, po zatopení vodami Oravskej priehrady.